抗甲状腺药物中硫脲类和咪唑类，分别会引起不同的不良反应。硫脲类药物中的硫氧嘧啶类药物，让服用者头痛、关节痛，很多患者会感到胃肠道不适，严重的患者在服用药后，会出现粒细胞减少的情况，肝功能损伤和小血管出现炎症，都是可能出现的不良反应，所以吃药前后都要复查血常规、肝功能。咪唑类药物的不良反应和硫氧类药物类似，但是小血管炎症较少发，肝功能损伤更容易发生，服用药前后也需要化验血常规、肝功能，另外还会出现瘙痒、皮疹等过敏反应，有时候需要停药，同时需要应用抗过敏药物。