中国医学科学院血液病医院五官科由口腔科、耳鼻喉科、眼科三个科室组成。主要承担血液病合并五官疾病患者的诊疗及血液病患者化疗、移植前清除病灶等工作。

口腔科主要开展各类口腔疾病的诊治，口腔出血止血，为移植前患者排查与清除口腔病灶，以及接诊其他医院口腔科转诊的血象异常患者等。

耳鼻喉科主要开展血液病患者的鼻衄中止、移植前患者病灶的排查与清除，使患者免于在移植过程中发生耳鼻喉部位的感染。

眼科主要针对血液病患者眼底检查。引入了免散瞳眼底照相技术，结果客观明确，减轻患者痛苦及并发症的发生。