因为疱疹性角膜炎是疱疹病毒感染，所以最主要的治疗是抗病毒治疗。临床多用抗病毒药物，如阿昔洛韦、更昔洛韦、病毒唑等。基质性、内皮性是由于对疱疹病毒的免疫反应参与，所以要采用糖皮质激素治疗。 应用干扰素治疗，可联合应用干扰素，起到缩短病程的作用。还可联合应用免疫抑制剂，如环孢霉素A等。因为除病毒感染因素，还有免疫因素参与，所以可使用免疫抑制剂。其它治疗即辅助治疗，可用润滑眼表的药物或人工泪液等。此外，如为病毒感染，需增强机体免疫力。

胬肉术后发生结膜增生，医生或是患者都不愿意看到。如果发生结膜增生，在早期时由自己发现，即自己在照镜子时发现结膜长起一块，应尽早到医院复查。如果不是特别大、特别严重，医生会用低浓度的激素来抑制它的增生，大部分的人要治疗后，增生慢慢会缓解，最后回归于比较平坦的状态。但也有少数的人比较严重，处于一直增生的状态，医生可能会加大激素的用量。而最严重的情况是抑制不住增生，角膜又长成一个胬肉，叫做复发性翼状胬肉，只能进行手术治疗。 实际上结膜增生有时和医生的手术关系不一定非常大，可能与患者的个体差异、生活环境有关系。比如环境很干燥，阳光照射非常强，风沙非常大，即本身眼表总是处于炎症状态，就很容易增生。总而言之，轻度增生需要用药物治疗，严重增生需要手术干预。