菏泽市中医医院（山东中医药大学附属医院）位于山东省菏泽市牡丹区丹阳路1036号，始建于1975年，占地面积3.5万平方米，建筑面积10万平方米，是一所集医疗、教学、科研、预防、康复、急救于一体三级甲等综合性中医医院，是菏泽市医保和新农合定点医院，是山东中医药大学非直属附属医院，是山东中医药大学、山东中医药高等专科学校、菏泽医学高等专科学校、菏泽家政学院、曲阜中医药学校教学医院，是全国中医住院医师规范化培训基地、中医类别全科医生规范化培养基地，先后荣获山东省爱婴医院、山东省文明单位、菏泽市药品不良反应监测先进集体等荣誉称号，构建社会主义和谐社会做出应有贡献。

医院编制床位1450张，配有西门子炫速双源CT、西门子1.5T核磁共振、西门子平板大C、医科达图像引导直线加速器、腹腔镜、宫腔镜、膀胱镜、关节腔镜、椎间孔镜、钬激光、全自动生化分析仪、全自动尿沉渣分析仪、全自动血气分析仪、化学发光分析仪、日本SysmexCS5100血凝仪等医疗设施。

近年来，医院承担省、市中医药科研计划项目和自选项目60余项，有20余项科研成果获得省、市级科技进步奖。

医院是山东中医药大学非直属附属医院，是山东中医药大学、山东中医药高等专科学校、菏泽医学高等专科学校、菏泽家政学院、曲阜中医药学校的教学医院，是全国中医住院医师规范化培训基地、中医类别全科医生规范化培养基地。

医院设有脑病科、肺病科、消化科、心血管科、血液科、内分泌科、脾胃科、肾病科、外科、骨伤科、肛肠科、肿瘤科、妇科、产科、产房、生殖中心、儿科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、美容科、康复科、治未病科、重症医学科、急诊科、老年病科、针推科、体检中心、特检科、输血科、检验科、放射科、内窥镜、病理科、特慢病门诊、麻醉科、药物临床试验、手术室、碎石科、名中医工作室等临床科室和医技科室。