菏泽市中医医院脾胃病科是我院特色专科，是山东省重点中医脾胃病专科，现有医师12名，其中主任医师2名，副主任医师4名，主治医师3名。多年来，我科潜心探究历代中医名家的经验，在治疗脾胃病系统各种疾病尤其是胃脘痛（慢性胃炎）、吐酸病（胃食管反流病）、久痢（溃疡性结肠炎）和胃疡（消化性溃疡）等方面积累了丰富的临床经验。
我科善于中西医结合治疗急、慢性胃炎、消化性溃疡、急性胰腺炎、消化道出血、溃疡性结肠炎、胆囊炎、脂肪肝、便秘、腹泻、腹痛等病，疗效确切。运用中药内服结合艾灸、耳穴压豆、针刺、拔罐、中药足浴、穴位贴敷、中药灌肠、穴位注射等中医外治法，标本兼治，疗效迅速，价格低廉，不易复发，弥补了西医单独治疗，治标不治本，副作用多，易复发的不足。使脾胃病科的诊治水平在菏泽享有盛誉。
我科在2007年开展静脉麻醉无痛胃、肠镜检查技术，大大减轻患者痛苦，且安全、效果可靠，吸引了广大周边县市患者慕名来就医检查治疗，现我科配有先进的进口富士能电子胃镜、肠镜、放大内镜，其镜身较早期胃肠镜纤细柔软，患者不适感轻微，并可直接进行电子荧光染色，有助于检查出细微病变，提高了临床疗效，并配有先进的内镜下治疗设备，可以进行内镜息肉切除、止血、异物取出、碎石等介入治疗，技术精湛，业务突出。
我科配有C13呼气试验仪，费用适中，结果准确，是检查胃幽门螺杆菌的金标准。根除幽门螺杆菌是预防胃炎、消化性溃疡、胃癌发生和复发的主要手段，尤其对防治萎缩性胃炎进一步发展、恶化有决定性意义。
2019年我科室成立国医大师李佃贵传承工作室，并定期派遣人员学习并定期开展讲座，提高科室整体医疗水平。科室承担省级科研课题6项，市级科研课题10余项，发表国家级论文50余篇，论著10余部。研制了系列中成药利胆排石颗粒等，其疗效可靠，服用方便，深受广大患者欢迎。