福建省南平市第二医院儿科主要承担儿科常见病、多发病的诊治。在1947年卫理医院时即设有儿科，1974年重建地区医院后，恢复了儿科的建设，医疗水平和医疗环境得到长足的发展。

目前在开展小儿哮喘、肾炎小专科诊疗服务的同时还进行“围产期新生儿血糖动态监测的临床意义”、“小儿哮喘与季节性过敏因素的调查”、“新生儿窒息的抢救时机分析”及“新生儿高胆红素血症对脑神经影响及心肌损伤的观察”等课题的研究。

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