三明市中西医结合医院感染科的前身是三明市第三医院传染科，始建于1953年，有54年的历史，1997年在三明市各级领导的关怀下，成立三明市传染病院，1999年与福空医院肝病研究所结成共建医院，使科室对各种传染病的诊疗与省级水平接近，特别是对慢乙肝、肝硬化、重型肝炎的诊疗上有了很大的提高。

先后派医师到上海市传染病院、北京佑安医院、广州市传染病院等医院进修，对各种传染病的诊疗水平得到了一个很大的飞跃，特别是慢性乙型肝炎的抗病毒治疗、肝炎后肝硬化失代偿期、难治性腹水的治疗，以及重型肝炎的抢救治疗，酒精性与非酒精性脂肪肝的治疗等。