甲状腺乳腺外科前身是我院肿瘤外科的一个亚专科，于2019年7月搬迁东海新院区，形成以林建清副院长为学科带头人、许双塔、吴文艺为科室行政副主任、陈月妹为护士长的独立科室。甲乳外科现有医生15人、护士19人，其中主任医师、副教授3名，副主任医师2名，博硕生导师1名，硕士生导师4位，主治医师5人，住院医师6人，人才结构合理。科室现开放床位42张，年住院人数达3500人，手术量近2000台，其中三四级手术占比约92%。科室配备乳腺微创旋切系统、进口索诺声彩超机、甲状腺微波消融仪、神经监测仪、三才乳腺治疗仪、乳管镜、核素扫描仪、腔镜系统等国内外先进设施设备。

在科研教学上，科室承担福建省自然基金、福建省卫生健康委员会资助项目、福建省教育厅科技项目、泉州市科技计划项目等多个项目研究，积极开展乳腺癌、甲状腺癌的临床及基础研究。曾获福建省医学科技进步奖几项、泉州市科技进步奖几项。发表SCI、CSCD源论文50余篇。科室同时承担了福建医科大学5年制本科、“5+3”一体化硕士专业教学任务，共培养了二十余名的甲状腺乳腺专业的研究生。同时也接受来自全省各地的进修医师及外地住院医师的培训，培养了大批优秀的高级医务人才。

在专业领域方面，乳腺外科上，率先开展乳腺癌保乳手术、乳房假体、背阔肌、TRAM皮瓣一期、二期再造、乳腺癌前哨淋巴结核素显像+美兰显影双示踪活检术；也是国内较早开展乳腺癌腔镜手术的单位，例数居省内领先、国内前列。麦默通乳腺微创系统应用于乳房疾病的诊断治疗例数居省内领先、国内前列。甲状腺外科主要方向为开展小创口肿瘤切除、经口经腋窝经胸入路腔镜美容手术，同时开展了大量的术中神经监测技术和其他微创消融技术。参与国内腔镜甲状腺手术共识等的编撰，手术质量及治疗效果达国内先进水平。术前彩超、SPECT/CT等的精确定位并联合术中快速PTH的动态检测，开展慢性肾功能衰竭并发甲状旁腺功能亢进的外科治疗，达国内先进水平。