福建省第二人民医院耳鼻喉科（耳鼻咽喉科），是以医疗、教学、科研为一体的综合性学科，为福建省中医药学会耳鼻喉分会主委挂靠单位、福建省中医耳鼻咽喉重点专科单位。
专科以耳鼻咽喉疾病的临床与实验研究为主要研究方向，坚持中西并重，突出中医特色的科室发展理念，设有门诊、病区及鼻内镜室、电子鼻咽喉镜室、听力室、眼震检查眩晕治疗室、中医综合治疗室等，开展各类耳鼻咽喉专科手术。
耳科：耳前瘘管切除术、耳道肿物摘除术、鼓膜置管术、耳显微镜耳内镜下鼓室成形术、乳突根治术、人工听骨重建术、镫骨手术等。
鼻科：功能性鼻内镜鼻窦手术、鼻中隔矫正术、鼻骨整复术、鼻甲等离子射频消融术，鼻息肉摘除术，上颌窦根治术、鼻出血低温等离子止血术、鼻腔鼻窦肿瘤切除术、鼻内镜下鼻腔泪囊吻合术等。
咽科：低温等离子腺样体切除术、扁桃体切除术、悬雍垂腭咽成型术、咽部肿瘤切除术等；喉科：支撑喉镜下喉显微手术、嗓音手术，会厌囊肿切除术、喉部肿瘤切除术等。
专科在省内率先开展慢性扁桃体炎中医烙治、耳鸣中医五音治疗，积极开展过敏性鼻炎贴敷（三伏灸）治疗、鼻丘割治等中医非药物特色治疗。积极开展良性阵发性位置性眩晕（耳石症）手法复位，在耳源性眩晕诊断及治疗方面有丰富经验。
科室配备各类大型仪器，包括OLYMPUSENF-VT成像电子鼻咽喉镜，丹麦尔听美听力筛查仪、诊断科研型听力计、中耳分析仪、全功能耳声发射分析仪、美国ICSChartrEP全功能听觉诱发电位分析仪、静堡隔声室及屏蔽室、美国ICSChartrVNG前庭功能检查系统，美国COBLATOR二代低温射频治疗仪，美国STORZ鼻窦内窥镜，耳内镜，支撑喉镜手术系统，美国ZEISSS88手术显微镜，耳科手术电钻，耳鸣治疗仪等。
专科为福建中医药大学中西医结合耳鼻咽喉专业硕士培养点，现已培养硕士研究生40余名，科室先后承担多项省部级科研课题，已结题3项福建省自然科学基金课题，参编多部全国医学院校统编教材。耳鼻喉科全体医护人员始终秉承“大医精诚”的铮铮誓言，为广大人民群众解除病痛，借助福建中医药大学这一广大平台，不断提高医疗水平，加强学科建设，注重科研能力的提高，为争创国内一流学科不断前进。