南昌大学第二附属医院感染性疾病科自2004年建科以来，在科主任孙水林教授带领下，秉承“成于细微，止于至善”的服务理念，已发展成为省内有较高知名度且颇具影响力的学科。目前，感染科是江西省研究型医院学会感染病分会主任委员单位、江西省医学会感染病分会的候任主任委员单位。
科室专业医学技术人员共46人，其中医生20人，博士生导师2人，硕士生导师3人，其中博士7人，硕士12人，具有高级职称6人，教授1人，副教授1人。拥有江西省骨干教师、江西省教育系统师德先进个人、江西省卫生计生委学术与技术带头人培养对象等人才，多人受聘为国家和省级医学会并担任重要学术任职。
科室设慢性肝病组、危重症肝炎及肝衰竭组、危重难治性感染病组、代谢性肝病及疑难肝病组、结核病及艾滋病组、肝脏恶性肿瘤组等六个亚专科。在各型病毒性肝炎的诊治积累了丰富的经验，尤其是慢性乙肝、慢性丙肝的抗病毒治疗，脂肪肝、自身免疫性肝病、酒精性肝病、代谢性肝病、肝硬化、重型肝炎、不明原因发热等的诊治以及各种疑难感染性疾病的诊治。
2022年完成慢性乙型肝炎抗病毒治疗25000多例，每年完成人工肝治疗重型肝炎500多例次，疗效达到国内先进水平。2022年门诊量6万余人次，住院3000余人次，平均住院日6.0天。科室为临床内科传染病博士点单位，医师规范化培训基地，承担传染病学的留学生、研究生、本科生及进修生教学，已培养住培学员500多人、博士生7名，硕士研究生50人，每年举办国家继续教育项目10余项，省级3项。
近十年来，科室在临床、科研和教学取得了飞速发展，其中“大剂量干扰素治疗前C区变异慢性乙型肝炎”获江西省农村卫生适宜技术“星火推广计划”项目，并在我省广大农村地区逐步推广。
在科主任带领下，传染病学的教学深受学生好评，2005年由孙水林教授主持的《常见传染病实况媒体教学课件》获教育部“二等奖”，2019年孙水林教授主持的《传染病学混合式金课建设与实践》获江西省教学成果“一等奖”，2017孙水林教授主持的《无处不在---传染病》慕课获江西省教学成果“二等奖”，感染科获南昌大学中兴奖、韦林奖教奖，教学竞赛二等奖、南昌大学教学成果一等奖3项，南昌大学教学成果二等奖1项，2018年感染科孙水林教授获南昌大学十大教学标兵。
感染科孙水林教授建设的《无处不在---传染病》慕课在东西部高校联盟正式上线，成为江西省首个在中国东西部高校联盟上线的课程，2018年获国家精品在线课程，全国累计892所大学选用该课程，每年有100多万学生选修，为学生及广大民众普及常见传染病的科学防控知识。尤其是去年和今年的COVID-19提供了一个高效便捷的平台。
2021年由孙水林教授主持的“多元线上科教方案在传染病防治技术推广中的应用”获江西省科学技术进步三等奖，2020年由孙水林教授主持的《无处不在--传染病》数字课程获首届江西医学科技奖，2010年由刘燕主任主持的“混合人工肝新技术”获江西省科学技术进步三等奖。2012年杨文龙主任参与项目“干细胞移植治疗终末期肝病”获南昌市科技进步二等奖。
科室派出多人出国研修学习，2018年科室杨文龙主任获江西省远航工程派往美国研修学习一年。
我科于2016-2018年获国家自然科学基金2项，近10年来承担国家自然科学基金等国家级课题3余项；科室在包括Hepatology等高质量SCI期刊上发表论文20余篇，中华级核心期刊上发表论文50多篇；科室承担江西省科技厅重点项目2项，江西省科技厅一般项目6项，江西省教育厅重点项目3项，江西省教育厅一般项目4项，江西省卫健委课题26项，南昌市科技局项目3项，获科研奖励10项。
包括教育部教学成果二等奖、国家精品在线课程一项、江西省教学成果一等奖，江西省教学成果二等奖、江西省科技进步三等奖2项，江西医学科技奖，江西省教育厅科技成果三等奖，南昌大学教学成果一等奖5项，南昌大学教学成果二等奖等，2016年江西省感染病科技影响力排名第二。
在2020年抗击新冠病毒的战疫中，感染性疾病科不但承担了南昌大学第二附属医院发热门诊大量工作，而且还派出7名骨干医护人员支援湖北武汉、随州抗疫，成绩斐然。2020年感染性疾病科获得江西省省委“抗疫先进集体”的表彰，杨文龙主任、喻蓉艳护士长获“抗疫先进个人”称号。
科室现有2个学术机构挂靠单位，分别为江西省研究型医院学会感染病分会和江西省医学会感染病分会的候任主任委员单位，有4人分别在多个国家一级学会担任常委和委员。近三年主办学术会议10次，江西省研究型医院感染病学会已成为我省有较大影响力的省内学术论坛。学科与省内60多家基层医院共建专科联盟。
作为江西省重大疫情防控救治基地三个区域中心之一，我院已在红角洲新院区正在建设共计16层的感染性疾病救治中心大楼，建设有11个负压病区约200床。届时南昌大学第二附属医院感染性疾病科将为推进全省完善和强化重大疫情防控救治体系，提高应对突发重大公共卫生事件的能力和水平，为广大患者提供更优质服务。