南昌大学第一附属医院药学部集药学服务、教学、科研和管理为一体，下设临床药学科和药品供应保障科，包含办公室、门急诊药房、中药房、发热药房、住院部药房、静脉药物配置中心、临床药理研究所、临床药学教研室、审方中心、临床药师组、质控组、中药制剂转化组、信息组以及宣传组等部门。
在保障全院药品调剂供应基础上，开展药学门诊、前置审方、互联网药学服务、社区慢病用药管理、药学查房、药学会诊、个体化用药指导、不良反应上报以及药品临床综合评价等“以患者为中心，合理用药为核心”的药学服务。
近年来，药学部通过药、教、研三引擎，协同促进学科高质量发展。2016年药学部临床药学学科荣获江西省医学领先学科称号，同年获批为国家卫健委临床药师师资培训基地，2017年获批中华医学会临床药学分会临床药师规范化师资与学员培训中心，2020年获批PCCM咳喘药学门诊全国示范中心。
近几年临床药学学科连续获复旦版“中国医院专科排行榜”华东区域提名奖。科室现有主任药师7名，副主任药师22名，博士生导师1名，硕士导师8名，拥有江西省百千万人才1名、江西省卫生系统学科带头人2名，江西省双千计划——科技创新高端人才1名，江西省主要学科学术技术带头人3名，“赣江青年学者”7名，医院“优青培养对象”1名，中华医学会临床药学分会优秀临床药师2名，中国药学会优秀药师1名，博士10人，硕士50人，本科以上学历者达85%。
药学部在各项评比中屡创佳绩，荣获“江西省首届医院药学管理创新团队”称号、“中国医院管理奖（药学管理）全国优秀奖”；
近5年先后获得全国黄鹤论坛比赛二等奖、湘鄂赣移植案例比赛一等奖、华东地区药学服务十大价值案例、全国药学创新大赛优秀奖、全国呼吸与危重症ICU临床案例分析大赛一等奖、第六届全国智慧医疗创新大赛全国总决赛三等奖等。药学部负责了南昌大学药学/临床药学本、硕课程《临床药物治疗学》和《医院药学》，每年承担各层次近100名学生的实习带教工作，并将教研成果进行转化，指导学生获第七届中国国际“互联网+”大学生创新创业大赛国家金奖2项。
科研转化履新高，药学部先后承担“十三五”重大新药创制国家科技重大专项1项，国家自然科学基金15项，省部级项目和市厅级项目50余项。获江西省自然科技奖2项，江西省医学科技奖2项，江西省青年科技奖1项。发表论文100余篇，最高影响因子39。药学部发挥专业优势，创新成果转化，让传统的古方制剂，焕发新的生机。“复方黄连油涂剂”即“五黄油”院内制剂2021年已实现在医院的临床转化应用。