南昌大学第一附属医院中西医结合肛肠科擅长重度环状混合痔、高位复杂性肛瘘、肛门直肠周围脓肿、先天性肛门闭锁、直肠阴道瘘、直肠脫垂、paget、Baowens、肛窦炎等60余种肛肠疑难疾病及常见病的手术治疗，引进国内外医学多项专科无痛微创新技术，最大限度地保护患者肛门直肠的组织结构、功能和外形。

中西医结合肛肠科在省内率先开设了小儿肛肠专科，孕妇痔疮专病门诊，肛肠疑难病及肛门整形修复专科门诊，同时开展了肛肠镜、肛管测压、肛门磁共振、盆底肌电图、直肠腔内超声、超声肠镜、小肠镜等对疑难重症肛肠病的术前诊治，大大提高了疑难肛肠病诊疗水平。

目前年门诊量21000余人次，年住院量近三千人，年手术量近三千余台。2015年12月经过中国中西结合肛肠学会严格筛选，医院成功获批“全国肛肠疾病防治工程定点医院”。2016年5月，在南宁召开第4届中国中西结合学会大肠肛门病微创学术会，中西医结合肛肠科经过全国肛肠专家的严格评审，在全国上千个知名肛肠科的比拼中胜出，获评“中国结直肠肛门外科优秀学科”，是江西省疑难重症肛肠病诊治中心。

2019年7月获批成为《国家区域中医肛肠诊疗中心专科联盟》之一；2019年8月肛肠团队荣获南昌大学第一附属医院中国医师节日间病房管理团体二等奖；2020年科室经过中国中西结合肛肠学会的严格筛选获得“早期大肠癌筛查示范中心”称号。