眼周扁平疣的治疗同身体其他部位扁平疣的治疗方法基本相同，可以使用激光、冷冻、微波等物理性的方法加以祛除，考虑到眼周皮肤组织的特点，在进行激光等物理性治疗时，需要给患者佩戴眼罩保护好眼睛。　　眼周扁平疣可以外用抗病毒软膏加以治疗，例如干扰素软膏3-5次/日，咪喹莫特乳膏隔日1次，疗程2-4周。眼周扁平疣可以同时全身辅助应用免疫调节剂，例如聚肌胞、转移因子等。扁平疣是由人乳头瘤病毒感染皮肤所引起，可引起瘙痒的症状，所以患者在平时护理时避免搔抓，以免病毒通过破溃的伤口，感染到正常的皮肤组织上，引起新的皮疹。