安徽中医药大学第二附属医院肛肠科为我院特色科室之一。建科以来，本着中、西医特色相结合，发扬传统医学个性化治疗特色和优势，以精准化治疗为核心，建立了特色鲜明、实力雄厚的结直肠肛门中心。现有床位26张，临床医生6名：高级职称1名，中级职称4名，硕士研究生4名。

专科诊疗范围：包括结直肠肛门良性疾病（如痔疮、肛瘘、肛裂、肛周脓肿、直肠脱垂、肛门失禁、直肠阴道瘘等），功能性肠病（如便秘、肠易激综合征、大肠黑变病等），炎症性肠病（如溃疡性结肠炎、克罗恩病），结直肠肛门恶性疾病（结直肠癌、结直肠息肉、结肠间质瘤、家族性腺瘤性息肉病、骶前肿瘤等）等。

科研成果：现承担省部级在内课题3项，其中安徽省自然科学基金1项，发表SCI文章3篇，在国内核心期刊发表论文多篇。

科室运用中西医特色诊疗技术配合中药，有效缓解肛门常见疾病疼痛、出血、坠胀、瘙痒等以及便秘、腹痛、腹泻等疑难疾病症状。