合肥市第二人民医院康复科组建于1994年，2007年8月成立专科病区，是合肥市市属综合性医院中最早开展现代康复治疗，也是最早建立专科病区的科室。2011年成为合肥市首批工伤康复定点医疗机构，安徽医科大学康复医学硕士研究生培养点。安徽省、合肥市康复医学会主委单位。

2012年获批成为市属首家《基本医疗保障康复项目及残疾儿童抢救性性医疗康复》住院、门诊试点医疗康复的定点机构，2014年被评为安徽省第四周期重点培育专科，并在终期评估为“优秀”等次。2015年成为合肥市康复医学科质控中心挂靠单位。2016年被评为合肥市第五周期重点培育学科。2016年成为安徽省平安车险康复定点医院。

学科以神经康复及肌肉、骨骼康复为主，开展偏瘫、颅脑外伤、截瘫、关节功能障碍等患者的康复评定和治疗，目前处于省内先进、市内领先水平。

特色技术及设备有：表面肌电技术、足底压力分布检测技术、平衡功能测试技术等，2014年率先在省内开展吞咽造影检查及治疗，实现拔除胃管、经口进食的目标，大大降低肺部感染率。2015年在合肥市率先应用超声引导下A型肉毒毒素注射技术治疗脑卒中肢体肌肉痉挛患者，取得良好的治疗效果。2012年在市内首次开展《汉语标准失语症检查》的评定及言语障碍的治疗，处于市内领先水平。

肌肉骨骼康复亚专科在省内较早应用关节松动技术、肌肉牵拉技术、主动抑制技术开展了骨折术后关节功能障碍、运动损伤、颈椎病、腰椎间盘突出症等疾病的康复治疗。2013年市属医院首次使用平衡功能评定技术对膝骨性关节炎全膝关节置换进行评定与治疗，大大提高膝骨性关节炎全膝关节置换患者的平衡功能。

科室目前拥有新老院区2个门诊、1个病区、1个康复治疗大厅，共有50张床位，治疗面积1500平米；设物理治疗室、作业治疗室、言语治疗室、康复评定室、支具室和传统治疗室。拥有芬兰进口8通道表面肌电、比利时Footscan-7足底压力分析系统、丹麦进口肌电生物反馈治疗仪、德国Motomed上下肢主被动训练仪、韩国12腔空气压力波治疗仪、德国菲兹曼微波、蜡疗仪、三维步态分析系统、等速肌力测试系统、超声波治疗仪等先进设备。

目前科室有医师19人，其中中级治疗师证4人和治疗师8人，护士12人；高级职称1人，主治医师7人，硕士6人，在读硕士2人；是安徽医科大学、蚌埠医学院康复医学与理疗学硕士培养点，2018年成为国家住院医师规范化培训基地，是安徽中医药大学、安徽医学高等专科学校、芜湖医学高等专科学校等多家医学院校的实习基地。