嘉兴市第二医院感染科建于1957年设有单独的发热、肠道和肝炎专科门诊室。多年来该科成功抢救了大量重症肝炎、重型乙脑、流脑、重症伤寒、霍乱、重症带状疱疹、流行性出血热以及败血症等患者。坚持科研兴科，在慢性乙肝的诊治和科研中取得了一定的成绩，在社会上享有一定声誉。

感染科是嘉兴成立最早的传染科，成功救治了无数例重症肝炎、乙脑、霍乱等危重病人，在国内享有很好的盛誉。在慢性乙肝、丙肝治疗上不断更新，与国际接轨，在市内处于领先地位。