温州医科大学附属第二医院肝胆外科在2002年由普外科创建，是我院重点扶植专科，并于2004年建立了温州地区最早的腔镜外科和微创外科。2015年开设了温州地区最早的肝癌多学科联合门诊。

作为医院消化疾病诊疗中心的重要组成，目前成立了肝癌综合诊治分中心、胆石病诊治分中心、胰腺疾病诊治分中心和肝硬化门脉高压诊治分中心。经过几代科室主任的励精图治和发扬传承，目前肝胆胰外科已发展成为临床以微创腹腔镜技术为主导、教学以住专培一体化为特色，影响力辐射至浙南闽北地区的学科。

肝胆外科目前拥有一支医疗技术精湛，人才结构合理，综合实力雄厚的专业学术队伍，现有医护人员50余人，其中医师23人：主任医师2人、副主任医师8人，主治医师2人，硕士生导师2名，拥有博士学位及在读博士7人。科室现有专科床位102张。

肝胆外科率先在温州地区开展了肝癌多学科协作诊疗模式，为肝癌患者提供全方位、专业化、规范化、个体化的诊疗。结合术前精确评估，开展开腹和腹腔镜精准肝癌根治术；对于中晚期肝癌患者采用综合治疗手段减除症状，延长生命。

胆石症的微创治疗一直是本科室的特色。在温州地区最早开展的微创保胆取石术、单孔腹腔镜胆囊切除术和腹腔镜胆囊切除日间手术已经成为常规手术；拥有温州地区唯一的一体化多功能杂交手术室，联合运用腹腔镜、十二指肠镜技术可以一次性完成胆囊腹腔镜手术和胆总管内镜取石。

微创胰腺手术是科室重点攻关项目，已经成功开展了腹腔镜胰十二指肠切除、腹腔镜胰体尾切除和保留脾脏的腹腔镜胰体尾切除。成立了以肝胆胰外科为核心的肝硬化门静脉高压症多学科诊疗协作组，为门脉高压症患者制定个体化方案，开展了经颈内静脉肝内门体分流术；在常规断流和分流手术的基础上，开展了国内领先的选择性脾胃区减断分流术。