宁波市第二医院感染科于2013年成立，有33张住院床位。是宁波市唯一一家不看传染病，仅专注于疑难发热、疑难感染性疾病诊治的科室。

主要收治各种原因发热、各种复杂性细菌真菌感染，包括不明原因发热、肺炎、肝脓肿、骨关节感染、复杂性皮肤软组织感染、复杂泌尿系感染、感染性心内膜炎、中枢神经系统感染（脑膜炎、脑炎）、免疫受损免疫缺陷病人的感染、植入物感染、术后感染、耐药菌感染等。

是浙东感染病区域专病中心。临床诊疗水平省内领先。与复旦大学医学院附属中山医院、浙江大学医学院邵逸夫医院、浙江大学医学院附属第一医院等都有良好的学术交流或合作项目。

科室有硕士生导师2名，主任医师1名，副主任医师1名，主治医师5名。