启东市中医院内科分为脾胃病科、肺病科2个科室：
脾胃病科
科室拥有主任医师1名、副主任医师1名、主治医师3名、住院医师1名。广泛开展中西医结合治疗慢性胃炎、消化道出血、反流性食管炎、消化性溃疡、功能性消化不良、溃疡性结肠炎、习惯性便秘、肝硬化、胆道感染、胰腺炎等疾病。
消化内镜中心拥有日本奥林巴斯电子胃肠镜、德国爱尔博消化内镜电外科工作站，除常规开展电子胃、肠镜检查外，还开展无痛胃、肠镜检查、消化道出血的内镜下止血、消化道狭窄的扩张及支架植入术、经皮内窥镜胃造瘘术、胃肠道息肉摘除术、内镜下黏膜切除术等内镜下微创治疗。
肺病科
具有完备的主任医师、主治医师、住院医师人才梯队。科室配备进口无创呼吸机、多参数监护仪血气分析仪、电子支气管镜、肺功能仪、一氧化氮呼气仪等仪器设备。能开展无创机械通气、肺功能检査、一氧化氮呼气测定、支气管镜诊治，以及穴位贴敷冬病夏治、耳穴压豆、中药膏方等中医诊疗技术。
肺病科以中西医结合为特色，以现代医学诊断和治疗技术为平台，对呼吸系统急重症及常见疾病，运用中西医结合方法控制症状，迁延缓解期采用传统的中医治疗，扶正固本，提高机体抗病能力，防止疾病进展。借助现代医学技术如CT、超声、纤支镜检查等对不明原因的胸腔积液和肺部肿块患者明确诊断治疗。