南通市妇幼保健院始建于1983年，前身是南通市妇产科医院，1999年与南通市妇幼保健所合署办公，2002年更名为南通市妇幼保健院，目前医院是南通市唯一一家三级甲等妇幼保健院。2015年，医院增挂南通市儿童医院牌子。2020年，作为市政府为民办实事项目，儿童综合大楼开工建设，并于2024年4月正式投入使用。

医院坐落于南通市新城区，毗邻南通市行政中心。医院核定床位790张，占地面积103亩，总建筑面积达12.6万平方米。医院设有29个临床保健医技一级科室及19个住院病区。医院现有国家级首批特色建设单位3个，江苏省妇幼保健重点学科1个、江苏省临床重点专科4个、江苏省特色专科建设单位2个、江苏卫生创新团队1个，市级重点实验室3个、市级临床重点专科21个、“十四五”市临床医学中心（创新平台）1个、市级重点（建设）学科4个、市级医学创新团队6个。妇科、产科、儿科、生殖医学等多个学科是江苏省副主委、南通市主委以及南通市质控中心。生殖医学中心是苏中地区唯一开展三代试管婴儿的单位。

医院现有职工1103名，拥有研究生以上学历261名，高级职称人员293名，包括享受国务院政府特殊津贴专家、省“333”、市“226”重点人才、硕士生导师、南通大学兼职教授以及担任省市医学专业委员会主任委员共80余名。2024年医院门急诊量77万人次，住院3.2万人次，年分娩量6688人次。医院正适应高质量发展新常态，抢抓高质量发展新机遇，加快建设成为高水平有特色的现代化医院和长三角北翼区域性妇女儿童健康中心。

近年来，医院先后获得国家级爱婴医院、“江苏省文明单位”“江苏省平安示范医院”“江苏省巾帼建功先进集体”“江苏省母婴友好医院”“江苏省母婴安全优质服务示范单位”“江苏省卫生健康系统先进集体”“江苏省健康促进医院”“中国医疗机构互联网品牌影响力江苏省医疗机构二十强”等省级以上荣誉。