南京医科大学眼科医院系南京医科大学附属眼科医院、江苏省红十字眼科医院，隶属于南京医科大学第四临床医学院，是江苏省第一家三级甲等眼科医院、国家临床重点专科、国家药物临床试验机构、国家一流专业建设点(眼视光学)、国家眼耳鼻喉疾病临床医学研究中心干眼与眼表疾病分中心、国家眼部疾病临床医学研究中心糖尿病视网膜病变临床及研究中心、江苏省及南京市眼科医疗质量控制中心、江苏省临床重点专科(白内障)、江苏省儿童青少年近视防控研究中心、江苏省科普教育基地、江苏省验光配镜从业人员实训考核基地、江苏省中小学生眼保健教育示范基地，南京市红十字第二眼库，南京医科大学硕士生培养基地、博士生培养点，博士后创新实践基地。拥有汉中路和六合两个院区，本部院区面积14600多平方米，六合院区9500多平方米，核定床位150张。医院现有职工300多人，其中副高职称以上47人，博士生导师9人，硕士生导师13人。

医院隶属于南京医科大学第四临床医学院，是在原中日友好南京眼科医院的基础上创建的。

医院是国家级住院医师规范化培训协同基地、江苏省基层特色科室眼科孵化中心项目单位、南京市眼科专科护士培训基地、江苏省和南京市近视防控专家组单位、江苏省儿童青少年近视防控研究中心、江苏省大数据临床应用示范中心近视防控大数据应用建设单位、江苏省验光配镜从业人员实训考核基地，江苏省中小学生眼保健教育示范基地，中国中西医结合学会眼科专业委员会眼视光协作组组长单位，拥有中央与地方共建高校特色优势学科实验室——南京医科大学医学视光学教学实验室、南京医科大学眼视光学和视觉科学重点实验室，南京市眼科医学重点专科，南京医科大学眼科学(眼视光学)校级重点学科。是一所集医疗、教学、科研于一体，具有一定影响力的非营利性眼科专科医院，2018年，中国医院科技量值眼科全国排名25位，江苏居首。

1994年在江苏省卫生厅、南京医科大学及其一附院的关心下，在日本名古屋NAGALION俱乐部、眼科专家安藤文隆博士、邱信男院长、杉田院长等友人的共同支持下，诞生了江苏省合作性眼科专科医院——中日友好南京眼科医院(江苏省人民医院眼科分院)。医院建院以来先后开展了视网膜玻璃体手术、白内障超声乳化人工晶体植入术、飞秒激光白内障超声乳化人工晶体植入术、飞秒激光近视矫正、深板层角膜移植术、眼前段再造术、难治性眼外伤手术(包括眼内非磁性异物取出术及联合角膜移植人工晶体植入视网膜玻璃体手术)、非穿透滤过手术等一系列现代显微眼科手术，至今仍然代表着眼科临床复杂的手术技能，为江苏省眼科手术水平的提高，作出了贡献。