南京市中西医结合医院眼科是集医疗、教学、科研为一体的中西医结合科室。目前已承担南京市科技局社会发展项目课题一项，南京市卫生局医学科技发展项目两项。在研一项，顺利结题两项。已发表中华系列论文4篇，核心期刊论文10余篇。

眼科开展中医、西医、中西医结合等特色治疗外眼、眼表、前节、后节各种疾病，形成了一系列独特的治疗技术。青少年近视综合防治和弱视治疗已形成了一整套成熟的个性化的干预治疗流程。

配备有先进的裂隙灯显微镜、眼科Ａ/Ｂ超、手术显微镜、高频泪道治疗仪、各种显微手术器械、眼部中药熏蒸治疗仪、带状光检影仪、直接眼底镜、非接触眼压计、全自动电脑视野计、视觉电生理检查仪、全自动电脑验光仪(日本TOPCOM)。

综合验光仪、眼前节照相系统、眼底照相系统、角膜地形图、眼部生物测量仪、光学相干断层扫描仪（德国ZEISS）等一批先进仪器设备；现常规开展了白内障超声乳化联合人工晶体植入术。

小切口白内障摘除联合人工晶体植入术、抗青光眼手术、斜视矫正术。泪道狭窄阻塞的微创治疗、眼外伤的手术治疗、羊膜移植治疗酸、碱烧伤、复发性翼状胬肉、睑球粘连。

各种类型眼眶肿物摘除、孔源性视网膜脱离手术治疗，以及中西医结合治疗青光眼、糖尿病性眼病、各种原因引起的网膜出血以及屈光不正，弱视等检查治疗等项目。疑难患者可以及时得到省内高级专家的会诊。