南京市儿童医院新生儿外科成立于1981年，是国内最早独立建制的新生儿外科专科之一，经过40余年的发展，专科现为国家临床重点专科建设单位、江苏省临床重点专科、南京市临床重点专科、南京医科大学重点学科，在国内享有较高的声誉。

科室现有医护教职员工52名，其中医师15名，护士37名。医生中包括主任医师2名（教授1名），副主任医师5名；博士学位4人，硕士学位10人。博士研究生导师1人，硕士研究生导师3人。江苏省有突出贡献中青年专家1人，江苏省“333工程”高层次人才二、三层次各1人。目前编制床位48张，年门诊量1万余人次，年出院2300余人次，年手术量超过800余台次，床位数和工作量均居国内同类专科前列。

近十年来，学科在极低体重重症患儿的外科治疗方面取得重大进展，最小手术患儿体重仅700g。已将微创技术广泛应用于新生儿、低体重患儿，最小的腹腔镜手术患儿体重仅1000g。复杂疑难等四级手术占本专科总手术量的35%以上，治疗效果良好，在省内外享有较高声誉。

对胆道闭锁、先天性巨结肠、先天性肛门直肠畸形、新生儿巨大肿瘤、短肠综合征等疾病的治疗具有丰富的经验。2013年以来，先后获批14项国家自然科学基金项目，获得中国出生缺陷干预救助基金会科技成果奖、中国医院协会科技创新奖、江苏省医学科技奖、南京市科技进步奖、江苏省医学新技术奖，授权国家发明专利4件。主持中华医学会、江苏省高等教育学会教学课题，培养硕士、博士研究生20余名。