南京儿童医院儿童保健科，于2008年4月2日开始独立运行，现有在职员工43人，包括医师19名，护理5名，技师18名，专职研究员1名；高级职称5名，中级职称13名，初级职称25名；博士生导师1名，硕士生导师2名；博士学位9名，硕士学位22名。儿童保健科是江苏省科教强卫创新团队、江苏省妇幼保健重点学科、南京市临床重点专科、江苏省儿童早期发展示范基地等。

儿童保健科主要从事0-18岁儿童体格生长、营养监测和神经心理行为发育筛查和诊断，设有营养、心理、发育行为、高危儿随访、生长发育五个亚专业组。2022年5月28日，体检门诊正式在河西院区开诊。儿童保健科近年来引入STRONGkid、Peabody、Griffiths、Dream-C、DIPA等新的测试评估方法；并将运动处方、便携式睡眠监测、TAKE心率监测、静息态能量测定等用于儿童肥胖的管理；是江苏省首批中法合作项目“精神运动康复学诊疗技术”授牌单位之一，并于2020年3月应用于学龄前ADHD儿童的康复训练。近两年还引进了PEERS社交技能团体干预、新森林养育计划、艺术疗愈、辩证行为治疗团体技能训练等与国际接轨的心理行为干预方法。

儿童保健学教研室承担了南京医科大学、南京大学医学院、南京中医药大学、徐州医科大学等医学院校本科生、儿童保健专业硕士和博士的理论和临床教学，积极开展教学改革，拓展了TBL、慕课、微课、课程思政等多种教学模式，融合理论考试、随堂考核、见习考核、形成性评价等多种考核体系。近5年来获国家自然科学基金、省、市、局级课题10余项，发表相关高质量论文近100篇。研究成果获宋庆龄儿科医学奖、中国妇幼健康科技进步二等奖和南京市科技进步三等奖各1项，获江苏省卫健委新技术引进奖2项。参编儿童保健学专著和各种科普读物多本。