南京市儿童医院感染疾病科（感染性疾病科），建立于2007年，是省内第一家儿童感染专科。感染疾病科作为我院重要科室，一直积极承担着江苏省内及周围省份的儿科公共卫生事件的主要救治任务及感染性疾病的诊疗、护理操作。从2008年手足口病大爆发到2020年新冠疫情爆发，感染疾病科一直以无惧之态，战斗在第一线。在历任科主任带领下，科室多次荣获“南京市重点专科”、“工人先锋号”、“全市抗击新冠肺炎疫情先进集体”、“行风先进集体”“院感先进科室”等称号。

感染疾病科位于青春活力的河西新城，其开设有传染病门诊、肠道门诊、感染疾病科门诊、儿童预防接种评估门诊及感染疾病科病房，传染病门诊是南京及周边城市儿童传染病救治中心，预防接种评估门诊的成立突破了“疾病诊治”和“预防接种”之间的壁垒，为省内最早开设的此类门诊，它为有疫苗接种咨询需求的家长提供全面、专业的指导。

感染疾病科医护共60余名，其中高级专家1名，主任医师4名，副主任医师6名，研究生导师2名。科室承担着多项国家级、省市级相关课题研究工作及小儿传染病学的教学及临床带教工作。近五年来发表专著三部，发明及实用新型专利数十项，获南京市政府科技进步三等奖一次，每年发表SCI及核心期刊论文十余篇，在全国具有较高的知名度和影响力。