南京市儿童医院心胸外科，是我院最具特色的临床专科，1982开展首例心内直视手术，已发展成先心病手术1200例/年、普胸手术800例/年的江苏省科教强卫和重点临床专科。现有国务院特殊津贴2人，博士生导师2人，硕士生导师2人，教授/主任医师4名、副教授副主任医师4人，博士学位15人。中国医师奖、南京市科技功臣、江苏省有突出贡献的中青年专家、江苏省医学重点人才、江苏省“333”工程等各级荣誉20余人次。

科室为全国小儿胸心外科学组原组长单位，主持完成先心病和普胸相关中国专家共识14项。先心病手术始终位列全国儿童医院心脏外科手术总量前三名，国内外率先完成经皮胸前穿刺室间隔缺损残余漏封堵术；全国儿童医院系统第1例小儿心脏移植，累计完成儿童心脏移植8例；江苏省最小年龄（仅4小时）及全国最轻体重（0.67千克）心脏手术完成单位。亚洲小儿先心病外科学会创始单位之一，推动亚洲小儿心脏外科快速发展。

科室发表学术论文400余篇，包括NatureGenetics及NatureCommunications等SCI收录论文150余篇。获“国家科技进步二等奖、教育部科技进步二等奖、江苏省科技进步二等奖、中华医学会科学技术三等奖”等国家及省部级奖项38项，主持国家自然科学基金、十三五国家重点研发计划子课题等国家及省部级课题98项。