南京市儿童医院呼吸科，是江苏省临床重点科室、南京医科大学博士研究生点。现有主任医师8名，副主任医师9名，博士研究生导师2名，硕士生导师3名，博士生8名，硕士生21名，临床及科研力量雄厚。近10年来，获得省厅级新技术引进二等奖3项、市科技进步奖1项、市卫生局新技术引进一等奖1项、市卫生局科技进步奖6项，南京医科大学优秀科技成果二等奖。主持多项国家自然科学基金及省市级科研项目。

80年代初呼吸科就开设了哮喘专科门诊，是中华医学会呼吸分会指定的健康呼吸中心。每年举办儿童哮喘夏令营、全国性呼吸继续教育学习班，在哮喘的诊断和治疗方面具有丰富的临床经验。2006年建立了“过敏性疾病特异性免疫治疗中心”，2010年被任命为国际标准化脱敏中心。

呼吸科80年代在国内率先开展儿童肺结核短程化疗。每周均有结核病会诊，结核门诊随访病儿达3万人次。呼吸科拥有亚洲第一台的婴幼儿体描仪和ISO肺功能仪，能开展从新生儿起各年龄段的肺功能检查。拥有儿童胃食道PH测定仪。

呼吸科率先在省内开展儿童纤维支气管镜检查术，拥有多种型号的儿童纤维支气管镜及电子支气管镜，能为从新生儿起各年龄组患儿进行纤支镜术。同时还开展经支气管镜下的冷冻治疗和氩气刀治疗。