南京医科大学第一附属医院眼科，为眼科学博士、硕士学位授予点，是江苏省“十二五”科教兴卫工程重点学科、江苏省卫生厅临床重点专科、南京医科大学重点学科、江苏省眼科医疗质量控制中心、江苏省眼库、江苏省美容（眼科）主诊医师培训基地、江苏省防盲工作指导组长单位、国家级药物临床试验基地。

科室现设置青光眼、白内障、玻璃体和视网膜病、眼底内科、眼肌和眼眶、小儿眼病、眼外伤、角膜病、防盲治盲共9个亚专科，目前开放床位数62张，年手术量8000余台。科室拥有先进的眼科诊疗设备，能开展眼底血管造影检查(FFA+ICGA)、视野、眼部光学相干断层成像检查(OCT)、视网膜断层扫描(HRT)、多焦视觉电生理检查、超声生物显微镜检查（UBM）等眼科的特殊诊断辅助检查。

2014年8月始，眼科在省内率先开展了日间病房项目，白内障实现了日间一站式诊疗，显着降低了白内障的住院时间和费用，提高了周转率和床位使用率;作为省内复杂视网膜疾病的手术治疗中心，近年来眼底病手术已超千例，作为江苏省眼科医疗的龙头单位，已经成为区域性眼科中心，接受来自全省乃至全国的眼科疑难杂症患者，影响和辐射能力不断扩大，受到广大眼病患者的赞誉，社会效益突出。

学科现有医生33人，有中华医学会眼科分会常务委员1名，中华医学会眼科分会青年委员3名，中华医学会眼科分会学组委员4名，江苏省卫生厅“科教兴卫工程”医学重点人才2名，江苏省六大人才高峰培养对象2名，江苏省“333高层次人才培养工程”中青年科学技术带头人2名。近三年获“973”纵向课题1项、国家自然科学基金面上项目4项、优秀青年基金1项、江苏省双创1项，总计获得科研经费1850万。获得美国视觉和眼科研究杰出青年科学家奖1项、中华医学科技三等奖一项、江苏省卫生厅新技术引进奖多项。