广东省农垦中心医院消化内科含消化内科和消化内镜专业，现有高级职称3人，中级职称3人，初级职称3人。其中硕士研究生学历2人。科室配置日本奥林巴斯最新型电子高清内镜系统290型2台套，260型1台套。
消化内科擅长胃肠、肝胆、胰常见病、危重、疑难病症的诊治。对消化道大出血、重症胰腺炎、肝硬化、难治性溃疡性结肠炎等有很高的治疗和抢救成功率。
可以开展无痛胃肠镜检查；非静脉曲张破裂出血的热凝、注射止血、金属夹夹闭止血等；食管胃底静脉曲张的硬化治疗、套扎术、组织胶注射术；内镜下内痔硬化治疗术；消化道异物取出术；消化道狭窄的扩张和金属支架置入术；经皮内镜下胃造瘘术；鼻空肠管置入术；早期消化道癌的内镜下筛查和精查；消化道早癌及癌前病变内镜下切除或剥离术（EMR、ESD）；经口气黏膜下隧道技术治疗贲门失迟缓症和黏膜下肿瘤（POEM、STER）；胃黏膜下肿瘤（间质瘤）的内镜下治疗（内镜下全层切开EFR）；消化道穿孔内镜下治疗（金属夹闭合、尼龙绳荷包缝合等）；初期开展ERCP术等技术。
内镜技术开展积极推动了消化内科和消化内镜业务发展。肝脏疾病的治疗也先进性，如肝囊肿硬化剂注射治疗、小肝癌的射频消融治疗等。