始建于1975年，包含福田院区、光明院区、针灸推拿分院、一-门诊部和科教中心“一院五区”，下属机构有深圳市国医之窗中医药人才培训中心、深圳市中药制剂中心。医院是全国首批三级甲等中医医院、广州中医药大学非直展附属医院和广州中医药大学第四临床医学院；广东省和深圳市博土后创新实践基地、广东省联合培养研究生示范基地、国家博土后科研工作站、国家住院医师规范化培训基地，广东首和深圳市中医专科护士培训基地。

医院整体发展势头良好，各项事业取得重大突破，先后获批国家中医药传承创新工程重点中医医院、国家区城中医肝病诊疗中心、粤港澳大湾区中医药临床传承创新研究中心、深圳市中医临床医学研究中心；成为广东首高水平医院重点建设医院、广东省现代医院管理制度试点单位、广东省公立医院改革与高质量发展示范医院。在国家三级公立中医医院绩效考核中连续4年获得最高考核等级A+。通过国家巨联互通标准化成熟度五级乙等，是全国目前唯一通过六级电子病历评审的中医医院。

医院现有职工250余人，其中卫生技术人员230余人，高级职称60余人，国家、省、市名优中医80余人，医院医疗设备总值近10亿元，拥有多台科研型MR)和CT机、数字一体化手术室、3D腹腔镜，四维高端彩超等高精尖医疗设备，目前，医院年门急诊量210万余人次，开放床位近10张，年出院病人4万人次。医院是华南区中医肝病诊宁中心联盟、深圳市中医医宁联盟、深圳治未病联盟、深圳市中医男科医疗技术专业联盟、粤港澳大湾区中医药临床传承创新研究中心抗痛风联盟、深圳市中医护理区域联盟奉头单位。