广州医科大学附属中医医院针灸科，为国家“十二五”中医重点专科建设单位，广东省“十一五”中医重点专科，广东省高水平临床重点专科，广州市“十二五”重点专科，2014年广东省中医药强省专项资金项目中医临床重点专科，广州市中医名科，广州市针灸防治中风病临床医学研究与转化中心，广州日报第二届“广东医院最强科室推荐”，广州中医药大学针灸专业硕士培训基地。针灸科由针灸病房、针灸康复门诊两大功能部门组成，病房有床位60余张，针灸康复门诊有治疗室20余间。有医护46人，其中高级职称16人，博士生导师1人，硕导5人，博士2人。科室配备了一批针灸、康复器械，可开展挑治、小针刀、埋线、浮针及牵引、超激光、磁疗、低频等等治疗。科室以传统针灸疗法为基础，积极开展火针疗法、温针灸百会穴、“醒脑调枢启阖”法治疗中风病、穴位贴敷疗法、直接灸四花穴疗法为主的特色疗法，并于中风病、眩晕病、腰痛病、蛇串疮等优势病种应用，取得较好的疗效。科室近年围绕优势病种、特色疗法开展了一系列研究。如借助现代计算机技术挖掘针灸古籍中中风病、火针疗法的规律，已完成2项省级、1项市级项目的研究，在研的省中管局项目“基于数据挖掘技术针灸古籍火针疗法的整理与研究”开展顺利，获得了“广州市针灸防治中风病临床医学研究与转化中心”科学技术成果，并于学会及广州市基层医院、社区推广，取得较好的社会效应。针灸康复科为广东省重点专科，集针灸、推拿、理疗为一体的康复门诊。位于珠玑路院区门诊6楼。现有医生7人，技师1人，其中高级职称6人，4人为广东省、广州市中医临床优秀人才。现有诊室7间，治疗床位40张。优势病种是项痹病、膝痹病、眩晕、腰痛等，主要病种包括脊柱相关疾病和胃痛、失眠、面瘫、中风、带状疱疹、痛经、小儿斜颈、身心疾病、体质调理等。以毫针针刺（包括腹针、头针、平衡针、火针、水针等）、艾灸（压灸、温针灸、督脉灸、隔物灸）、火罐（拔罐、走罐、闪罐）、推拿、牵引、理疗（电脑中频、超激光、微波）等为主要治疗手段，配合中药内服，为患者提供全方位的康复治疗，取得良好的经济与社会效益。科室为广州中医药大学、广州医科大学中西医结合学院临床教学基底，注重临床实践与理论研究的结合，承担大量的教学任务，包括广州中医药大学、广州医科大学学生的实习、见习；住院医师规范化培训的带教；各地的进修生，社区转岗（全科）医生培训等，为各地培养大量中医人才。