东莞东华医院中医科成立于1995年建院初期，专科门诊设于门诊5楼。共有医师16名，其中主任医师3名，副主任医师2名，主治医师10名。博士研究生1名，硕士研究生8名。临床以中医为主、中西医结合的理论为指导，广泛开展针刺、艾灸、手法推拿、小儿推拿、耳穴、刮痧、火罐、针刀、穴位注射、穴位贴敷、中药内服及外敷等中医特色疗法，治疗内、外、筋伤、妇科、儿科、五官等疾病，尤其擅长颈肩腰腿痛等伤科病、脾胃病、肿瘤、面瘫、皮肤疾患等疾病的中医综合治疗。
中医科系“阎喜换学术传承基地”，其中中医骨伤门诊以针刺手法为特色，临床中通过特有的“拨筋通络”诊疗技术，采用轻巧的手法、针法结合，专治各种颈肩腰腿痛等伤科疾病。
中医肿瘤专科门诊，由专家梁俊雄教授及其“中医肿瘤团队”长期在中医肿瘤专科门诊服务广大患者。梁俊雄教授擅长治疗各种肿瘤疾病，尤其擅长肝脏恶性肿瘤的中医治疗，为肿瘤患者带来新的希望。
面瘫专科门诊是中医科的特色门诊。以“扶正祛邪、中西结合、内外同治”为指导思想，多年来积累了丰富的经验，已形成了一套安全、高效、稳定的特色治疗方案，疗效确切。
中医妇幼门诊专注于妇女儿童疾病的中医治疗及保健，以中医药为主，中西结合的手段，诊疗女性、儿童临床中的常见病、多发病。其中小儿推拿门诊设于第二住院部二楼儿科、三楼预防保健科。