上海市儿童医院泌尿外科是上海市交通大学“先天性泌尿生殖系畸形外科诊治中心”，上海市儿童医院院重点学科。近几年来科室相继获得了上海市优秀学科带头人计划、上海市曙光计划以及上海市医学领军人才计划等多项科研项目资助。

作为牵头单位，组织联合上海交通大学医学院附属新华医院、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心、上海交通大学医学院附属仁济医院、上海复旦大学附属儿科医院的小儿泌尿外科，进行了“新生儿严重泌尿系统畸形规范化诊治的多中心临床研究”等多项多中心的临床研究。连续5年主办国家级医学继续教育培训“儿童尿道下裂个体化诊治与进展学习班暨中国尿道下裂论坛”，协办并参与国内外多次学术会议及活动。

现有博士生导师1名，硕士生导师1名。主任医师2名，副主任医师3名，主治及住院医师6名，研究生学历比例超过60%。目前承担着国家自然科学基金、上海市科委、上海市卫计委等国家级与市局级科研课题7项；2015年度共计发表SCI论文2篇，核心期刊论文2篇。

泌尿外科现有核定床位36张，2015年度门急诊人数超过29725人次，住院手术人数超过3500人次。是目前国内唯一可以开展达芬奇机器人辅助手术的小儿泌尿外科团队，目前已成功完成20余例。

科室注重人次梯队培养，鼓励医师参加国外和国内的学术会议，开阔视野、提升能力、提高科室对外影响力。2015年度派送国外交流访问的医师共计3人，参加国内外学术交流会议达19次，大会发言共计6篇。完成培养博士研究生1名，目前尚在培养博士研究生2名，硕士研究生3名。