复旦大学附属中山医院药剂科，是一个集医疗、科研、教学为一体的综合型药学部门。按照医院药学专业技术工作的要求和特点，药剂科的工作主要包括了药品供应管理、临床药学服务、医院制剂、静脉药物集中调配、教学与药学研究等方面。
药剂科设有药品库房、门诊西药房、门诊中药房、急诊药房、住院药房、手术药房（药品三级管理中心）、周转部药房、输液及消毒剂库房、静脉用药调配中心、临床药学室、制剂室、药物分析室、药学研究室、临床药学培训中心等多个部门，为医院医疗工作的正常开展提供坚实的药品保障工作，同时坚持“以病人为中心”的服务宗旨，秉承“保障患者安全、有效、经济用药”的信念，强化医院药事管理，积极拓展临床药学服务，努力打造医院安全用药网络。
药剂科是复旦大学博士点（临床药学），也是复旦大学、上海中医药大学、上海健康职业技术学院、上海医药高等专科学校、上海市卫生学校的硕士、本科、大专、中专生实习、见习基地。同时，也承担了复旦大学药学院（临床药学）硕士生、本科生与国外国际交换生的教学与实习工作。
药品供应管理
作为医院最大的药品流通管理部门，本院药剂科推行药品实库存管理和药品“三级”管理模式，坚持“哪里有药品，哪里就有药师”的药品管理理念，对药品在医院内各环节各单位的流通、使用、储存环节实施全程化、逐级化、动态化、数据化管理，将药品管理扩大到全院所有用药部门，最大程度地实现了药品的经济价值。
2009年，设立手术药房，建立并逐步完善手术室药品分类管理制度，对手术室内药品实行分类、分级、动态化管理，实现了麻醉师药箱数字化动态监测，确保了手术用药管理科学化、制度化和规范化，使得本院手术用药形成科学、有序的动态化管理状态，有效降低了医院的运行成本，提高了药品使用与管理效率。近年来，药剂科紧跟医院药学信息化发展指导方针，不断推动和促进药品管理信息化、自动化工作建设，已形成一整套较完整的基于信息化的药品管理体系。
人性化的服务也是中山医院药剂科的一大特色，在“德技双馨促和谐，微笑服务暖人心”的服务理念指引下，药剂科的门诊药房先后获得上海市卫生系统迎世博“十佳红旗文明岗”（2010年）、上海市药学会“优秀服务示范窗口”（2011和2013年度）等荣誉称号。
临床药学服务与学科建设
药剂科紧紧抓住医院药学的学科发展方向，在2001年就启动了临床药学工作，建立了一支专职临床药师队伍。经过十多年的发展，现在已有10名专职临床药师，深入到呼吸内科、心血管内科、心血管外科、消化科、神经内科、肿瘤内科、重症医学科、移植监护室等多个临床科室和病区，在临床的药物治疗工作中发挥了越来越重要的作用，已成为药物治疗团队中不可或缺的一员。
2006年，本院成为国家卫计委首批19个临床药师培训试点基地之一，设有心血管、呼吸内科、抗感染药物、抗肿瘤药物及通科5个培训方向，至今已为全国各地兄弟医院培训专科临床药师55名。2008年本院成为国家卫计委医政司临床药师制试点单位之一，对临床药师制的建设进行了有效的探索，并通过试点进一步完善了本院的临床药师工作和管理体系。2012年通过评审，成为全国12家国家卫计委临床药师师资培训基地之一，有6名通过卫生部认证的带教师资，截至2014年已为47家临床药师培训基地单位培养了52名带教师资。目前，本院是国家卫计委临床药师培训基地和临床药师师资培训基地的地方医院。
同时，本院还是复旦大学药学硕士（临床药学）研究生实践基地、复旦大学药学院联合培养临床药学博士点、临床药学本科生实习点。参与主编了临床药学学术专著《临床药学理论与实践》，也是《中国临床药学杂志》副主编单位之一。
静脉用药调配中心
中山医院静脉用药调配中心（PIVAS）建筑面积达1200m2。
中心为全院住院患者提供普通输液长期医嘱配置服务、细胞毒药物和TPN临时与长期医嘱配置服务，覆盖全院近2000张病床，采用了以安全用药为主导、临床药师介入的全新工作模式。中山医院静脉用药调配中心以建设国内规范的配置中心、培养优秀的医院注射用药配制与管理人员、为临床提供优质安全的静脉药物为目标、以防范给药错误、防范药品污染给病人带来危害为己任，借鉴澳大利亚的管理模式、以澳洲《细胞毒性药物配置指南》和《配置规范》、美国《797无菌配置规范》为参考，结合本院实际，制定了较完整的《静脉用药调配中心管理规范》，对所有工作人员进行了不间断的系统的培训、考核合格上岗，确保了各项工作的顺利开展。
同时，本院PIVAS建立了专门的《抗肿瘤药物调配规范》和《全营养混合液TNA配制规范》，使抗肿瘤药物的调配达到了药品、人员、环境俱安全的状态，全营养混合液药物的稳定性大幅度提高。
中山医院静脉用药调配中心同时也是医院抗菌药物临床使用监控的一个窗口，为医院落实国家抗菌药物临床指导原则，为临床合理使用抗菌药物，提供了有力支持。
制剂室
中山医院制剂室成立于上世纪50年代末，至上世纪80年代，已拥有灭菌制剂室、普通制剂室、中药制剂室和质检室。经过多年的发展，本院制剂（室）有了长足的进步，2005年开始，按照上海市食品药品监督局要求开展医院制剂质量上等级工作，外用制剂（丙咪氯苯乳膏、复方丙酸氯倍他索搽剂、鞣酸软膏等）和中药制剂（丹归活血合剂、射银咽炎合剂、芪参健心颗粒、三色片等）因其疗效确切而在患者中有很好的影响。
随着医院的发展和临床医疗与科研的需要，位于松江区佘山镇的中山医院新制剂室于2012年建成，2013年4月通过验收化学药制剂验收、投入使用（中药制剂验收尚在准备中）。
新制剂室包括制剂楼和质检楼两栋主建筑和其他辅助工作区，制剂楼占地面积2337m2，建筑面积4497.5m2；质检楼占地面积1051.6m2，建筑面积1317.0m2（含配电房265.4m2），新制剂室包括了膏霜剂生产区、外用液体生产区、外用灭菌液体生产区、中药口服液体生产区、中药口服固体生产区等生产区域；以及水处理间、压缩空气、冷却水、真空设施、锅炉房、环保设施等生产辅助设施。另有独立的中药提取、灌装车间，较完整的仓储区域与设施。独立的质检室包括了理化实验室、微生物检验室、无菌检验室以及一个万级环境下局部百级的中试区，可进行相应的新制剂研究与制剂质量控制全过程的检测。
新制剂室的建设使用标志着本院医院制剂环境、硬件达标、内部质量管理水准达到了一个更新更高的标准。
药学研究室
中山医院药剂科药学研究室成立于1998年，研究室重点进行中药化学、制剂及质量研究，完成院内制剂和注册新药的各项工作。研究室目前拥有高效液相色谱仪、大型自动部分收集仪、高真空旋转薄膜蒸发仪、药物溶出仪、真空烘箱等各种仪器设备。
自上世纪90年代以来，全室承担各种科研课题十余项，完成及在研课题包括“国家科技重大专项重大新药创制”1项，国家中医药管理局新药开发专项基金1项，国家自然科学基金1项，上海市科委中药现代化专项2项、上海市卫生局中医药科研基金项目1项，以及与日本花王公司的国际合作项目1项，课题经费总额达到600余万元。
至今已经获得中国专利授权5项，发表SCI论文9篇，国内核心期刊论文40余篇，参加国际药学联合会（FIP）主办的世界药学大会并发表壁报2次，获得首届中西医结合科技进步奖1次，上海市科技进步奖1次。实现科技成果转让2项，合同金额达1500余万元。