北京中医药大学东直门医院东区（通州院区）泌尿外科是北京市重点学科，泌尿外科由东城院区（一区）和通州院区（二区）构成，形成“一科两区”格局，实现统一管理、协同发展；学科建设“立足主城、开拓北京城市副中心、辐射周边、放眼全国”。
东直门医院通州院区泌尿外科（二区）医疗技术力量雄厚、专业人才结构合理，设有三个专业组：泌尿结石组、泌尿肿瘤组和男性生殖组，编制床位40张。通州院区共有医务人员27名，医生13名，护士14名。其中，主任医师3名，副主任医师4名，主治医师6名。博士4名，硕士6名。博士研究生导师1名，硕士研究生导师2名。
科室拥有高清腹腔镜、体外冲击波碎石机、尿流动力学仪、高功率钬激光、等离子电切镜、经皮肾镜、输尿管硬镜、肾盂输尿管软镜等先进设备。科室由门诊、住院病房、尿动力学检查室、体外冲击波碎石室、中医综合治疗室组成，为泌尿及男性生殖系统疾病患者提供优良中西医诊疗服务。
科室聘请国家名老中医药专家、首都国医名师、国家重点学科“中医外科学”、“中医男科学”学术带头人李曰庆教授和中华中医药学会中医外科学分会副主任委员，中华中医男科学会常务理事，北京中医学会男科分会常委张耀圣教授为学科中医顾问。聘请我国泌尿外科腹腔镜技术奠基人之一，国家863首席科学家，享誉国际、有“腹腔镜和机器人手术大师”之称的中国人民解放军总医院（301医院）泌尿外科主任张旭教授分别为学科西医顾问。