北京航天总医院职业病科是中国航天科技集团公司工业卫生职业病防治中心，规范了职业卫生管理体系，形成了集团公司职业病防治中心、各研究院（公司）、研究所（厂）三级管理网络系统，使集团公司职业卫生工作逐步走向规范化、制度化。
在职业健康检查方面，经北京市卫生局审核批准，职业病防治中心于2004年取得了43项职业健康检查项目资质。每年为航天系统内及周边地区接触职业病危害因素作业人员4000余人进行上岗前、在岗期间、离岗前以及应急职业健康检查。参检单位涉及国有经济、私有经济、港澳台经济、外商经济等各种经济类型；涉及服务业、印刷包装业、机械制造业、通讯设备制造业、电力、热力生产和供应业、非金属矿物制品业等不同行业；涉及美国、英国、日本、芬兰等不同国家。2009年顺利通过北京市卫生局放射工作人员职业健康检查资质评审，毒化检测实验室顺利通过北京市卫生局评审，获得尿铅、尿锰、尿汞检测资质，2010年新增尿砷、血铅两项生物样品检测资质，现已完成近千人次的尿铅、尿锰、尿汞的样品检测。
职业病防治中心工作人员在工作中积极总结经验，技术水平稳步提升，专家型人才不断涌现。目前有1人聘为北京市卫生局职业病诊断鉴定专家、2人聘为北京市职业卫生（含放射防护）技术机构资质审定专家、3人聘为集团公司与研究院建设项目职业卫生评审专家、1人聘为北京市医学会职业病分会委员。在液体推进剂中毒的救治及毒性研究，火箭发射现场的医学应急救援等研究领域处于国内领先技术水平。