北京航天总医院中医科现有中医组及针灸治疗组两个专业组，门诊量逐年上升，2012年门诊量超过5万人次。医务人员12人，其中副主任医师6人。

其中有近年引进肿瘤方向博士后、糖尿病肾病方向的博士等高学历人才，擅长对心脑血管、慢性肾病、糖尿病及其并发症、各种肿瘤、消化系统疾病、妇科病、儿科疾病等的中西医结合治疗，并已开设中医肾病专科门诊、中医皮肤病专科门诊。

针灸治疗组开展体针、电针、耳穴压豆、推拿、拔罐及中药导入等特色治疗，主要治疗脑血管病后遗症、面神经麻痹、头痛、带状疱疹、关节痛、失眠、肥胖、颈椎病、腰椎间盘突出等。

有中医特色的穴位敷贴对预防和治疗慢性支气管炎、哮喘、咽炎、反复呼吸道感染、骨关节病等多种疾病，收到很好的疗效。