北京航天总医院消化内科由病房及内镜中心两部分组成，床位32张（含抢救床位2张）。有医务人员25人，其中医生10人，护士15人。主任医师2人，副主任医师3人，主治医师5人；博士学位1人；硕士学位4人。

经历30年发展，消化内科对消化性溃疡、反流性食管炎、急性胆囊炎、急性胰腺炎、肠梗阻、肝硬化、结核性腹膜炎、缺血性肠病、溃疡性结肠炎、克罗恩病等消化系统疾病积累了丰富经验，对消化系统肿瘤（食管癌、胃癌、肠癌、肝癌、胰腺癌、胆管癌等）的诊断及治疗水平也日益提高，尤其消化道大出血及重症急性胰腺炎的治疗有独到之处。

胃镜、肠镜检查和治疗技术日臻完善，广泛开展了胃镜、肠镜诊断检查、消化道息肉切除、胃镜下止血、消化道狭窄（包括手术后狭窄）的扩张治疗、贲门失迟缓症的扩张治疗、晚期食管癌癌性狭窄的金属支架置入术、逆行胰胆管造影、胆道支架置入术、经皮经肝胆道造影及引流术、经皮经肝胆道支架置入术。

近年来还开展了无痛胃肠镜检查、经鼻胃镜检查、食道静脉曲张结扎及硬化治疗、金属钛夹内镜下止血、超声内镜、胶囊内镜等。