中国人民解放军总医院第五医学中心儿科由原解放军第307医院儿科（现儿科南院区）与原解放军第302医院新生儿科（现儿科北院区）组成。儿科南院区设置儿童疾病门急诊、儿童保健门诊、NICU、儿童病房（军人子女病房、普通病房及母婴同室病房）和儿科遗传诊断实验室五个单元；儿科北院区设置儿童门诊、NICU、母婴同室病房及传染/感染性疾病隔离病房，两院区共展开床位61张。科室主任为何玺玉主任医师。

目前科室共有医护技70余人，其中学科带头人2名（正高）；中级职称以上的医师17名（副高以上医师7人，主治医师10名），人员和技术实力较雄厚。儿科设施设备完善，就医环境舒适。年门急诊量6万余人次，两个院区住院病人2200人次/年。除儿童常见性疾病诊治外，儿科已经形成危重新生儿转运及救治、儿童遗传代谢病诊治、生物损伤（儿童中毒及新生儿感染性疾病）救治三个鲜明的医疗特色。

是国家卫建委首批出生缺陷救治实施机构、小胖威利临床规范诊治全国联盟成员、成长天使基金定点机构，北京市和丰台区危重新生儿抢救中心，北京市新生儿传染病转会诊医院、北京市新生儿新冠传染病指定救治单位。儿科目前是解放军医学院、安徽医科大学、河北医科大学、北方医学院研究生培养单位；天津医科大学本科生实习代教单位；宁夏同心县、新疆玉田县人民医院定向帮扶医生进修单位；承担丰台区先心病筛查、儿童血液肿瘤诊治绿色通道建设工作。