北京协和医院牙周科现设有口腔颌面外科学专业组、牙体牙髓病学专业组、牙周病学专业组、口腔黏膜病学专业组、儿童口腔病学专业组、口腔修复学专业组、口腔正畸学专业组以及口腔种植中心、无痛牙科治疗中心等七个专业组和两个治疗中心。

目前的口腔科已成为拥有近51台口腔综合治疗台、12张病床、76名医护人员（包括医生48名、护士19名、技术人员9名）的大型科室。在职博士生导师1人，硕士生导师5人。

学科人才梯队趋于合理，其中教授和主任医师6人、副教授和副主任医师11人、主治医师24人、住院医师 7 人。