北京协和医院口腔正畸是口腔科分组，1953年宋儒耀教授和王巧璋教授夫妇在原有的牙病治疗室的基础上组建了独立的口腔科，此后随着赖钦声、钱雪君、田恩顺、黄朝隽、俞家振、高孟林、文竹咸等一大批中间力量的到来，使协和医院口腔科进入了第一个快速发展期。
协和医院口腔科当时在全国口腔医学界拥有很高的学术地位：宋儒耀教授时任中华口腔科杂志主编，中华医学会口腔科分会主任委员；王巧璋教授、俞家振教授曾任中华医学会口腔科分会常委、中华口腔科杂志编常委。1978年10月，王巧璋教授和宋儒耀教授招收了第一批3名研究生入学。1979年建立了口腔科实验室，开展了病理、免疫、生化等方面的科研和临床工作。口腔内科方面，王巧璋教授因其多年从事龋病病因学研究所取得的成果－“糖原学说”的建立而在十年动乱后的第一次全国科学大会上受到表彰。
1983年口腔外科和内科开始广泛开展了激光治疗的临床及研究工作，1986年获电子工业部科技进步二等奖。口腔外科方面：旋髂深动静脉为蒂的游离髂骨瓣移植修复下颌骨不只在80年代，即使在21世纪的今天仍属于高、新技术；1987年开始的以颞浅动静脉为蒂的颞骨瓣修复下颌骨缺损的研究在当时也属国内首创；口腔鳞癌细胞株的分离、培养，增敏激光治疗血管瘤及恶性肿瘤的研究等也都在国内处于领先水平。
在口腔粘膜疾病的研究方面也取得了一定的进展，如白斑人群普查，干燥综合征等的临床及实验室研究等。1994年口腔科与哥伦比亚大学合作建立了我国第一个牙种植中心，并首先开展了此方面的临床及基础研究工作。2002年5月以后，随着北京协和医院与邮电总医院的合并，口腔科得到了进一步的发展壮大的机会。
科室现状
经过90年代的扩建以及多年来的设备更新、人才引进，加之东、西两院的合并，口腔科不断发展壮大。随着学科的发展，进一步完善了专业组设置，现设有口腔颌面外科学专业组、牙体牙髓病学专业组、牙周病学专业组、口腔黏膜病学专业组、儿童口腔病学专业组、口腔修复学专业组、口腔正畸学专业组以及口腔种植中心、无痛牙科治疗中心等七个专业组和两个治疗中心。目前的口腔科已成为拥有近51台口腔综合治疗台、12张病床、76名医护人员（包括医生48名、护士19名、技术人员9名）的大型科室。在职博士生导师1人，硕士生导师5人。学科人才梯队趋于合理，其中教授和主任医师6人、副教授和副主任医师11人、主治医师24人、住院医师7人。