北京协合医院男科学是泌尿外科的传统专业。上世纪刘国振教授创建了国内最早的男科学专业，为中国男性学事业做出巨大的贡献。上世纪50年代中期，编写性知识的出版发行，使得性禁锢的理念受到挑战。随后开展男科疾病手术治疗和男科避孕药物（棉酚）的基础和临床研究取得令人瞩目的业绩。

现在该科男科学着重在前列腺炎、辅助生育技术、男性不育、性功能障碍、男性更年期综合症和男性性腺发育不良等方面进行了较全面的基础和临床研究，力争在这些领域达到国内外先进水平。男科李宏军副教授为《中华男科学》副主编，近年来发表已发表相关论文数十篇，并主编《男科病诊治学》《男性更年期综合症》等多部专著。