首都医科大学附属北京儿童医院中医科在北京儿童医院也是老科室，自建院初期即成立，迄今已有60余年。中医科技术力量雄厚，拥有几代中医名家、中西医结合专家。
近年来又获批一名首都名医，现在具有三位德高望重的国家级名老中医，以及一批博士生导师、硕士生导师、教授、副教授等知名专家学者，还有从事中西医结合儿科临床教学多年、经验丰富的主任医师、副主任医师及青年骨干。设有两个住院病房，80张床位。
中医科一直是北京市四大中医药研究基地之一，是国家临床重点专科，国家十一五、十二五重点专科，北京小儿脾胃病重点学科，北京市综合医院示范中医科，是全国示范科先进单位，首都医科大学中西医儿科硕士研究生培养基地，北京中医药“十病十药”临床研究基地，北京市中医儿科“治未病”中心。
拥有裴学义、陈昭定两位名老中医工作室。2012年底又获批成立了中西医结合儿科研究所，仅近三年来就获得国家科技成果奖三项，北京市科技成果奖五项，目前还承担多项国家及北京市科研课题，医、教、研综合水平在全国中医儿科界达到领先水平。
中医科擅长看什么病，几十年来，中医科在金厚如、娄延承、刘韵远、王鹏飞、王敏智、裴学义、孙燕华、陈昭定、闫慧敏等几代名老中医专家的带领下，共同努力，不断进取，发挥集体智慧，不断发掘中医特色与中西医结合治疗优势，深入研究儿科常见病的中西医结合诊治方案。
早在60年代末，中医科就参与了“乙型脑炎”等重大疾病防治工作，取得优异成绩，受到北京市政府表彰。70年代在中药治疗腺病毒肺炎的工作中，也取得了突出的成绩。在这些经验基础上，中医科先后研制了多种中药内部制剂，服务于临床，深受患儿及家长的好评，每天有好多外地家长专程来儿童医院购买中医科的中药内部制剂。
北京儿童医院中医科位于门诊大楼八层。设有中医普通门诊、专家门诊、专业门诊及专病门诊。既看儿童常见病、多发病如感冒、流感、咳喘、厌食、腹痛、腹泻、便秘等，也看一些非器质性病变的疑难杂症。
针对小儿脾胃病、小儿呼吸道疾病、小儿风湿性疾病、过敏性紫癜、婴儿肝炎及小儿妇科疾病等的临床诊治，临床疗效显著，久用不衰，深受病人与家长的欢迎。科室还根据中医内病外治原理，开展了多项如中药泡洗、熏蒸、外敷贴、子午流注、推拿按摩等中医外治疗法。
中医专业和专病门诊具体介绍如下
中医消化专业：具有较强的专业技术力量，目前是全国中医儿科脾胃病研究中心，拥有电子胃镜及胃电图多功能检查，对于胃炎、十二指肠球炎、消化性溃疡、消化道出血、小儿肠炎等消化道疾病能够及时做出诊断，并给予中药、中西药系统治疗，疗效显著。儿童胃镜最早就是在北京儿童医院中医科开展的。
中西医结合风湿免疫专业：中医科开展该类疾病的研究已经数十年，积累了许多中西医结合治疗的经验，主要治疗幼年类风湿关节炎、幼年强直性脊柱炎、过敏性紫癜、紫癜肾炎、红斑狼疮、皮肌炎、硬皮病等，这些疾病病程长，疗程长，在西药治疗的同时配合中药辨证治疗，能够取得更佳的效果，对于需要系统检查治疗的，可通过专业门诊收入中医病房。
中医小儿妇科专业：小儿也有妇科病？没看错吧？当然没错，要知道，现在中医科小儿妇科专业是一号难求呢！该专业是医院在儿童专科医院中率先成立的一个新专业，以中西医结合为特点，采用现代医学方法进行检查，以中药为主或中西药结合的方法治疗女童生殖系统疾病。
主要诊治女童生殖器官炎症如外阴炎、外阴阴道炎、异物性阴道炎、淋菌性阴道炎等；青春期发育异常如女童性早熟；青春期月经异常如青春期子宫功能性出血、痛经、闭经、多囊卵巢综合症等；还有外阴硬化萎缩性苔藓、小阴唇粘连、情感交叉擦腿综合征等。
此外，中医科对于一些比较难治或目前无特效药物的疾病，开设了中医特色门诊，如中医气管炎专业、紫癜专业、婴儿肝炎专业、多动症专业、皮肤病专业等专病门诊。
气管炎专业：根据中医辨证施治原则，采用标本兼治的方法，中西医结合，发挥中医特色优势，结合中医敷贴、子午流注等外治疗法，治疗治疗小儿肺炎、气管炎、反复呼吸道感染、过敏性咳嗽、支气管哮喘、闭塞性细支气管炎等。
过敏性紫癜专业：过敏性紫癜是儿科常见病，易反复发作，并易合并肾脏损害。目前缺乏特效药物，中医治疗优势显著。中药辨证治疗结合中药泡洗等外治疗法能取得较好疗效。
多动症专业：主要治疗抽动秽语综合征以及多动症，抽动秽语综合征多为间歇性，交替性出现挤眉、眨眼、耸肩、喉出怪声等症状，而且精神不集中，影响学习成绩，西药治疗易出现嗜睡等不良反应，用中药或中成药治疗能够使病情控制。
婴儿肝炎专业：婴儿肝炎常发生于新生儿时期，迁延不愈，其病因较复杂，同宫内病毒感染、胆汁淤积、胆道发育不良如先天性胆道闭锁等多种因素有关，不及时治疗易导致胆汁淤积性肝硬化，该门诊采用名老中医经验方治疗，用清热祛湿、利胆退黄或健脾祛湿、疏肝利胆等方法，取得良好效果，并使肝功能恢复作用。
皮肤病专业：儿科常见的皮肤病大都由于湿热毒邪，比如湿疹、脓疱疹等疾病，配合中药内服外洗，效果更佳。