首都医科大学附属北京儿童医院保健中心（儿童保健中心）成立于七十年代，2000年6月1日正式由保健科更名为儿童保健中心。中心拥有一支雄厚的专业队伍、完整的儿童保健服务内容和流畅的检测程序，是一家集挂号、缴费、检测和诊疗于一体的儿童保健机构。
首都医科大学附属北京儿童医院保健中心设有新生儿行为测查、婴幼儿抚触、小儿生长发育及精神发育测评、儿童营养评价，听力筛查、视力筛查、超声骨密度检查、超声骨龄检查、智力筛查、智力测评、0-1岁52项神经运动检查、气质测评、铅损伤筛查、血铅测查、微量元素测评、血常规测查、25羟维生素D检测、注意力测评与训练、孤独症测评、人体成分测查、早期发育训练、语言测评、语言障碍训练、保健咨询以及健康教育，儿童免疫规划等多项与保健相关的服务，同时也可接纳幼儿园、中小学生集体儿童的健康体检工作。其中，小儿生长发育与营养、精神发育测评与早期干预是中心的工作重点及亮点。
与此同时，儿童保健中心还承担着首都医科大学儿科系学生儿童保健部分的教学工作。并曾多次承担世界卫生组织、儿基会以及国际多中心合作等项目工作。
2002年11月开始启动会员制服务项目。对0-6岁儿童进行纵向连续的健康管理，并取得了良好的效果。此项业务主要为满足需高水平保健服务的儿童。
保健中心现有医务人员17人。医生8人，护士8人，技师1人。主任医师2人、副主任医师1人、主治医师3人、住院医师2人；副主任护师1人，主管护师3人，护师2人。具有研究生学历2人，大本学历者11人。
门诊时间：周一至周五8：00-16：00；周六、周日、节假日8：30-11：00。