北京大学第一医院口腔科的历史可以追溯到上世纪四十年代，当时的“国立北京大学”下设医学院，于1941年成立齿科诊疗室。这座位于西单背阴胡同的简陋的诊疗室，是北京市第一家专业治疗齿科疾患的机构，也成为北大医院口腔门诊部，乃至成为北京大学口腔医院的前身。

1984年北大医院口腔门诊部迁址魏公村，并从北大医院中分离出去，正式建院，时称“北京医科大学口腔医学院”。1997年北大医院重新设置口腔科，在第一任主任杨宗萍教授的努力下，口腔科二次启程，走上了健康发展之路，经过20年的发展壮大，北大医院口腔科已经取得了长足进步，发展成为集医疗、教学、科研于一体的现代化科室。

临床诊疗涵盖口腔内科、口腔外科、口腔修复、口腔正畸、口腔种植等各个专业。拥有锥形束CT、牙科显微镜、牙科激光、超声骨刀等先进的口腔诊疗设备。开展了现代根管治疗技术，牙周疾病的系统治疗，牙体缺损、牙列缺损和牙列缺失的修复治疗，儿童和成人错合畸形的正畸治疗，微创拔牙以及口腔种植等。