北京大学第三医院病理科是国家临床重点专科，是全国大型的疑难病例病理诊断中心之一。病理科依托于历史悠久的北京大学医学部病理系，在几代病理学工作者的辛勤耕耘和努力开拓下，发展成为教学、科研、临床相结合的优势学科。经多年医疗实践积淀，科室不断开拓创新以适应日益增长的专科化医疗服务需求。目前形成了包括泌尿病理、血液病理、神经病理、消化病理、呼吸病理、妇科病理、乳腺病理、皮科病理、内分泌病理、软组织与骨关节病理、细胞学、解剖病理和分子病理等涵盖人体多个系统的十三个病理亚专科。病理科于2004年，就成为第一批国家级继续教育基地；2006年，首批入选北京市住院医师规范化培训临床病理专科基地；2010年底，首批入选“国家临床重点病理专科建设项目”。病理科拥有一支梯队合理的专业医师队伍，一批国内知名病理学专家。同时，病理科也拥有一个专业的医技团队，涵盖常规病理平台、免疫组化平台、特殊染色平台、超微病理平台、针吸细胞学平台和分子病理学平台等，有力的支持了临床病理诊断、教学和科研工作。病理科下属的分子病理实验室，是我国第一批获得卫生部临检中心认证的临床基因扩增检验实验室。同时也是国家卫健委病理质控评价中心（PQCC）示范实验室和北京市重点实验室。目前，本科室已发展为年组织学样本量9万例、细胞学6.5万例、尸体解剖50例、电镜6000例、会诊7000例、分子病理检测6000例、集临床、教学和科研为一体、从大体、光镜、电镜观察到免疫组化、遗传学检测的系统化、标准化、数字化和信息化集成，临床病理工作水平位于全国领先的综合学科。