应急总医院泌尿外科成立于建院初期，目前科室有主任医师3人，副主任医师2人，主治医师2人，住院医师2人，其中博士研究生3名、硕士研究生4名，专业护理人员10人，开放床位21张。拥有多台套先进的高清、4K及3D腹腔镜系统、钬激光治疗系统、铥激光治疗系统、EMS碎石系统、电磁式双定位体外冲击波碎石机、等离子电切机、泌尿外科各种内窥镜系统等各种专科医疗设备。

2022年4月15日，医院引进国内知名泌尿外科专家蔡建良博士创建泌外肿瘤科并与泌尿外科一体化运行，于2024年2月2日两科正式合并为新的泌尿外科，由蔡建良博士任科主任、学科带头人以来，学科发展迅速，在诊疗泌尿外科常见疾病（泌尿系结石、前列腺疾病等）的基础上，重点诊治泌尿生殖系统肿瘤（前列腺癌、膀胱肿瘤、肾肿瘤等）、腹膜后、盆腹腔肿瘤，同时专业诊治各种腹盆腔肿瘤及肿瘤相关治疗引起的各种泌尿系统疾患。每年成功完成泌尿外科、腹膜后盆腔肿瘤各类手术2000余例，其中经尿道微创手术、腹腔镜辅助微创手术占比90%左右。多例疑难复杂病例的诊疗和高难度手术经媒体报道后产生了良好的社会影响。