内蒙古妇幼保健院眼科建于建院初期，致力于儿童眼保健及儿童眼病诊治，在儿童眼病的早期发现、早期治疗方面积累了丰富的经验，在自治区率先开展了新生儿眼病的筛查、0~6岁婴幼儿及学龄前儿童眼病筛查、早产儿视网膜病的筛查，积极开展儿童、青少年近视防控，弱视的治疗。能够开展小儿泪道探通术、儿童眼部肿物、眼外伤、斜视的手术治疗。

科室目前有配套完善的小儿眼科检查设备：视动性眼震仪、婴幼儿选择性注视检测卡、双目间接检眼镜、手持裂隙灯、同视机、非接触式眼压式计、电脑验光仪、综合验光仪、维视顿视功能检查治疗系统、免散瞳眼底照相机、新生儿数字化广阈眼底成像系统、儿童电生理设备、A/B超、角膜地形图、多功能眼病治疗仪、协调器等，小儿不受年龄限制都可进行视力、视功能的检查。

配有近视、弱视治疗仪及视功能训练系统，使患儿在轻松愉快的游戏中矫治视力，效果显著。配有专业的验光团队，开展科学的散瞳检影验光，为儿童青少年配戴眼镜提供了保障。同时也开展成人眼科体检及各种眼疾的诊治。

特色医疗：新生儿眼病筛查、儿童斜、弱视治疗、视功能训练、婴幼儿泪道疾病治疗、儿童眼眶肿物、麦粒肿、霰粒肿治疗手术治疗、眼部整形。青少年近视防控。