小儿血液科成立于2008年1月，现有正式床位39张，干细胞移植百级层流室2间。现有医生10名，其中主任医师1名，副主任医师4名，主治医师4名，医师1名。学历分布：博士研究生1名，硕士研究生9名。护士19名，其中主任护师1名，副主任护师3名，主管护师5名，护师6名，护士4名，学历：硕士研究生1名，本科18名。本学科自2009年起开始承担内蒙古自治区血友病信息管理及诊治工作；2010年被内蒙古自治区卫生厅指定为儿童白血病救治定点医院的定点科室。自2012年申请到“神华集团”及“成龙基金会”对儿童白血病的爱心救助。

目前科室主治各种类型的贫血、血小板减少或增多症、过敏性紫癜等出血性疾病、EB病毒感染相关性疾病，儿童白血病、淋巴瘤、组织细胞增生症、神经母细胞瘤及各种儿童实体肿瘤。

 2011年成功开展“自体造血干细胞移植”技术，治疗儿童恶性淋巴瘤及神经母细胞瘤，2012年开展了白血病“异基因骨髓移植”技术，填补了自治区空白，2016年1例21三体合并白血病“异基因脐带血造血干细胞移植”技术填补了自治区空白。2020年以来完成各种分子靶向治疗数例，包括贝林妥欧单抗、艾美赛珠单抗、贝利尤单抗等。

科室团队成功申报科研课题5项，其中内自然2项，发表国内外期刊论文数篇。