内蒙古自治区人民医院胃肠外科是内蒙古地区规模最大的集医疗、教学、科研为一体的专业化胃肠外科疾病诊治中心，是医院和自治区优势发展学科，是内蒙古医科大学硕士研究生培养学科。目前，胃肠外科拥有教授1人，主任医师3人，副主任医师2人，主治医师3人，住院医师3人，其中具有博士学位3人，硕士学位5人，学士学位4人，硕士研究生导师1人，各级护理人员16名。现有病床40张，年均门诊量达年均近万人次，住院人数近2000余人次，手术1000余例。每年培养本科生、研究生和进修医生数十名。近5年累计发表论文80余篇，其中SCI收录论文2篇，承担省级科研课题3项，获新技术新业务奖励10余项。

胃肠外科以“胃肠和肛肠专科疾病治疗为特色，以胃肠道肿瘤为重点”，在传统手术基础上，着重发展微创治疗技术。目前，胃肠外科整体实力居区内先进水平，有些领域跻身国内先进行列，尤其在腹腔镜微创手术治疗各种普通外科疾病，如腹腔镜下食管裂孔疝修补加胃底折叠术（Nissen手术）、腹腔镜下贲门失弛缓症的微创手术、消化道肿瘤(胃癌、结肠癌、直肠癌)根治性手术、全结肠切除回肠贮袋肛管吻合治疗家族性息肉病和溃疡性结肠炎、超低位直肠癌保功能手术（保留肛门肛和盆腔植物神经）、腹腔镜阑尾切除术、肠粘连松解术、消化道穿孔修补术、痔的微创手术（PPH）、各类便秘手术、重度直肠脱垂等，均达到国内先进水平。此外，在肠瘘、消化道出血定位诊断及治疗，胃肠道间质瘤综合治疗和肠内外营养等方面均积累了丰富的经验。同时开展了一些高难度开腹和腔镜手术，如腹腔镜全结肠切除术、右半结肠切除加胆囊切除术/胃窦切除/肝部分切除、腹膜后囊肿切除术、3D腹腔镜胃肠肿瘤手术；开腹手术包括胃癌联合脏器切除术、保留胰头的十二指肠节段性切除术、高难度直肠癌根治术、盆腔巨大肿物切除术、经骶入路骶前肿物切除术等高难度手术；此外还开展了一些疑难手术，如腹会阴直肠癌术后回肠膀胱会阴瘘和会阴缺损修补、36年病史的肠瘘患者、10多年病史的直肠膀胱阴道瘘患者，经本科手术均获得成功。有10多项技术获得医院新技术新业务奖励，在多个领域填补了自治区空白，结束了有些手术需要外请专家的历史，使自治区患者不出区门就能享受到国内先进的技术和服务。